Oksijen tedavisi gören kişilerde çeşitli yan etkiler görülmektedir. Bu yan etkilerden en sık görülen durum ise kulak ve sinüslerde yaşanan etkilerdir. Bu durum tehlikeli bir sonuç doğurmamaktadır ve basınç eşitleme yöntemleri ile engellenebilir. Diğer yan etkiler ise oldukça nadir bir şekilde görülmektedir. Bu etkiler oksijen zehirlenmesi, geçici miyopi ve klostrofobi olarak sıralanabilir. Genellikle görülmekte olan yan etkiler ciddi değildir.
Klostrofobi; Çoğu hasta basınç odası içerisinde herhangi bir problem yaşamamaktadır. Bazı hastaların alışma süreci ise zaman alabilir. Çok az hasta ise basın odasına girme konusunda çekinir ve tedaviyi kabul etmez. Basınç odası tedavisinin hayati önem taşıdığı durumlarda hastaya bazı rahatlatıcı ilaçlar verilerek tedavi sağlanır.
Kulak ve Sinüs Problemleri; Bazı kişiler kulak ve sinüsler ile dış ortam arasındaki basınç değişiklikleri nedeniyle problem yaşamaktadır. Bu sorunun nasıl giderileceği eğitimli personel tarafından hastalara öğretilir. Hastalar basınç artışı sırasında rahatsızlık yaşadıklarını yardımcı ya da dışarıdaki operatörü bilgilendirmektedir. Gerekli olan durumlarda basınç artışı durdurularak ya da azaltılarak sorun giderilmeye çalışılır. Bazı durumlarda kolay eşitleme yapabilmek için ilaç kullanılması gerekebilir.
Akciğerler; Çok uzun süre boyunca HBOT tedavisi görmüş olan hastalarda oksijen akciğeri etkiler ve bazı şikayetlerin ortaya çıkmasına sebebiyet verebilir. Hastalarda soluk borusunda yanma, nefes darlığı, kuruluk, kuru öksürük gibi çeşitli şikayetler görülebilir. Böyle belirtilerin ortaya çıkması durumunda tedaviye ara verilir. Bu şikayetler ara verilmesinin ardından kısa bir süre içerisinde kaybolur.
Beyin; Tedavi basıncının yüksek olduğu HBOT uygulamalarında merkezi sinir sisteminde oksijen zehirlenmesi görülebilir. Bu duruma çok ender rastlanır. Merkezi sinir sistemi oksijen zehirlenmesi görüldüğünde hastalarda bir kulak çınlaması, bulantı-kusma, huzursuzluk, sinirlilik hali, özellikle yüz kaslarında olmak üzere seğirmeler, uyuşma, karıncalanma ve ileri aşamada nöbet gelişebilir. Bu belirtilerin herhangi biri görüldüğü zaman oksijen tedavisine ara verilmelidir. Oksijen solunumuna ara verildiği zaman kısa bir süre sonra hasta normale döner.
Gözler; Uzunca bir süre süren HBOT gören hastalarda miyop görülebilir. Bu durum geçicidir, tedavi bırakılmasının ardından kısa bir süre sonra görüş normale döner.